Bueno, a estas escalas no tenemos radios clásicos, si no que cada partícula tiene una función de onda, y de lo que podemos hablar de un radio medio (porque la probabilidad se extiende a todo el espacio).
[MODO DIVAGACION]
Yo lo que he estudiado es que si no tienes un potencial (una serie de fuerzas que restrinjan los movimientos de la partícula, que pueden ser tan simples como una caja que no permite que la partícula se escape; o por ejemplo, una carga negativa, alrededor de la cual el protón esté orbitando); pues entonces, si no tienes potencial, la partícula está deslocalizada (está en todo el espacio por igual)
Así que no sería posible estudiar un protón aislado de su entorno. No obstante esto no se corresponde mucho con la realidad, en la que el protón lo vemos bastante localizado. Supongo que se pueden construir funciones de ondas (vi una vez algo de paquetes gaussianos, aunque muy por encima) para modelizar el comportamiento del protón. O bueno, no estoy demasiado seguro, 
[/MODO DIVAGACION]
El neutrón efectivamente pesa un poco más que el protón, los dos rondan los 940 MeV (Megaelectronvoltios). Aunque hay partículas más pesadas:
-Entre bariones (que son partículas como el protón y el neutrón). Tienes partículas como la lambda, que pesa 1405 MeV, o la Sigma-c, que son 2455. Todas estas partículas (incluidos los protones y los neutrones), como están formadas por más partículas (los quarks), poseen estados excitados (si por decirlo de alguna manera, los quarks de dentro se mueven en órbitas de más energía de la habitual), y estos estados excitados pesan aún más que las partículas originales.
Claro que dentro de este grupo, la única partícula que es estable es el protón.
- La Tau, que es una partícula como el electrón, pero más pesada, pesa 1777 MeV. También es inestable.
- Una de las partículas portadoras de la fuerza débil, la Z0, pesa 91 GeV (gigaelectronvoltios) también inestable.
El radio característico de estas partículas no se cual es. Pero ya digo que puede variar mucho en función del potencial que le rodee.
Respecto a los agujeros negros, la densidad de estos también varía mucho. Según son más grandes, son MENOS densos. Así que un agujero negro lo suficientemente grande podría ser menos denso que el agua. (Lamentablemente no creo q podamos ver ningún agujero negro flotando en la playa así tal cual, sin ser brutalmente absorbidos  )
EDIT: Todo esto si medimos el agujero negro desde el horizonte de sucesos para adentro. Lo que haya adentro se lo dejo a Rappel.
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